Guillaume Choisy est titulaire d’un BTS Analyse et conduite des systèmes d’exploitation agricole en 1998.
De 1998 à 2003 il a été permanent de la Confédération paysanne. Par la suite, il a fait partie des collaborateurs historiques de Ségolène Royal dont il a été l’attaché parlementaire avant de devenir chargé de mission à la Région Poitou-Charentes puis directeur général adjoint en charge du pôle « Économie, transports, territoires, vivre ensemble, sport ».
Puis il occupe le poste de Chef de Cabinet au Ministère de l’environnement, de l’énergie et de la mer. Il est Directeur Général de l’Agence de l’eau Adour-Garonne depuis 2017.